Таксономически близкие группы организмов, помимо общего сходства строения и функционирования, имеют огромное количество резких, а порой и принципиальных различий. Об этих различиях эволюционисты, как правило, не упоминают, а ведь они в отдельных случаях способны свести на нет практически все филогенетические построения. Ниже приводится несколько ярких примеров морфологических и анатомических нестыковок с «единым» эволюционным древом развития живого мира.

Еще раз отметим, что данные факты, концептуально, имеют ровно такой же вес, как знаменитые «сравнительно-анатомические доказательства эволюции». Но эти факты свидетельствуют, наоборот, в обратную сторону — против эволюционных сценариев происхождения организмов.

1. Отсутствие эволюционной связи про- и эукариот. Многие исследователи считают, что эукариоты являются потомками либо бактерий, либо архей, или некоторой «комбинации» этих двух надцарств. Но генетические и молекулярные данные не подтверждают эту точку зрения. Вместо этого они свидетельствуют о том, что клетки эукариот вероятно, столь же древние, как бактерии и археи, и, возможно, даже появились раньше. Данные из протеомики и секвенирования геномов показывают, что эукариоты являются уникальной первозданной линией. Даже в митохондриальных протеомах (например, дрожжей и человека) идентифицирована лишь небольшая фракция (15%) белков протеобактерий; ни один из них не является прямым потомком археев, а примерно половина является исключительно эукариотической: Genomics and the Irreducible Nature of Eukaryote Cells.

Точно такой же вывод (о первозданности эукариот) можно сделать на основании общего строения эукариотической клетки. Строение эукариотической клетки намного сложнее клетки прокариот, и при этом радикально отличается от неё. Эукариотические клетки уникальны своей организацией. Их уникальную структуру (в сочетании со столь же уникальными механизмами деления) невозможно рассматривать, как унаследованную от архей, эубактерий, или их «сочетания». Получается, что крайне сложная по своей структуре эукариотическая организация клетки возникла просто «из ниоткуда».

2. Отсутствие эволюционной преемственности в строении и функционировании близких таксонов:

• Выделительные органы всех многоклеточных беспозвоночных животных имеют клетки, собирающие продукты распада (протонефридии, метонефридии, целомодукты, баянусовы органы, антеннальные и коксальные железы, мальпигиевы сосуды и др.). От всех этих органов отходят выделительные каналы, выводящие «мочу» наружу. Но у единственного класса живых организмов – пиявок (Hirudinea) – выделительные органы (воронки метанефридиев), вопреки логике эволюционной парадигмы, слепо замкнуты и не имеют, как у всех организмов, связи с выделительным (нефридиальным) каналом. «Моча» (продукты диссимиляции) пиявок осмотически просачивается сквозь ткани тела в отдельно расположенный выводковый нефридиальный канал и только потом удаляется из организма. Пиявки относятся к типу кольчатых червей, у которых выделительная система устроена по сходному с другими организмами сквозному типу. Почему у пиявок, находящихся в тесной «эволюционной» связи с кольчатыми червями, оказалась иная схема выделения? У эволюционистов этот вопрос остаётся без ответа.
• Лимфатическая система – неотъемлемая и важная структура почти всех позвоночных животных. Однако у химер (подкласс хрящевых рыб) и двоякодышащих рыб (инфракласс, или надотряд рыб) такая система отсутствует. Это настолько нелогично, что эволюционисты даже не пытаются объяснить этот факт.
• Появление замкнутой кровеносной системы – не менее значимое «эволюционное» благо. У «примитивного хордового» – ланцетника – эта система замкнутая. У «произошедших» от его предков круглоротых – миног – она тоже замкнутая, а у их «родственников» миксин – незамкнутая. А далее у всех остальных классов позвоночных животных – опять замкнутая. С точки зрения распространённых представлений эволюции, это явление необъяснимо, отчего в учебной литературе этот факт даже не упоминается.
• Практически у всех современных рыб (более 20 тыс. видов) позвонки амфицельные (двояковогнутые), и только у единственной группы – каймановых, или панцирных щук Америки – они опистоцельные (выпуклые спереди и вогнутые сзади). Зоологи никогда не скрывали этот факт, однако эволюционисты его почему-то никогда не анализировали.
•  Форма позвонков – явление очень консервативное. Вероятно, это связано с тем, что резкое изменение формы позвонков сказывается на выживании организма негативным образом. Тем не менее, бывают исключения. Например, у якобы произошедших от рыб земноводных у разных систематических групп строение позвонков разнообразно. А у бесхвостых амфибий (жабы, лягушки, квакши и др.) появляется новый, отсутствующий у рыб тип позвонков – процельные (вогнутые спереди и выпуклые сзади). При этом у относительно близких к ним видов того же отряда (подотряд гладконогих) позвонки амфицельные, а у круглоязычных (жерлянки, жабы-повитухи) и пип – опистоцельные. То есть сходные по внешнему облику и другим анатомическим признакам и отнесённые к одному отряду, да ещё и «произошедшие от предков» с амфицельными позвонками бесхвостые амфибии почему-то приобрели три разнообразных типа позвонков. Совершенно необъяснимо с позиции эволюционной теории строение шейных позвонков у черепах. Передние позвонки у них опистоцельные, средние – амфицельные, а задние – процельные.

3. Ранние стадии эмбриогенеза демонстрируют отсутствие эволюционного единства живой природы. Типы дробления не совпадают с  соответствующими границами биологических групп, которые должны быть друг другу родственны, исходя из эволюционных представлений. Например, у млекопитающих — один тип дробления зиготы (который почему-то роднит млекопитающих с круглыми червями), в то время как у ланцетника и амфибий — другой тип дробления; а у рыб, рептилий и птиц — третий (см. рисунок ниже).

Непонятно, почему амфибии (с их наружным оплодотворением) отказываются от дискоидального типа дробления (с большим количеством желтка), который имел место у их предполагаемых «эволюционных предков» (рыб). И переходят к типу дробления, больше сходному с ланцетником. Чтобы потом опять отказаться от этого типа дробления, и снова перейти к дискоидальному типу дробления — уже у своих «эволюционных потомков» рептилий и птиц. А также у однопроходных млекопитающих. В то время как остальные млекопитающие… снова отказываются от дискоидального типа дробления, да еще и переходят к вращательному типу дробления зиготы (вместо радиального). Трудно представить, чтобы столь резкие и случайные (!) перестройки на самых ранних (критически важных) этапах эмбриогенеза могли происходить без каких-либо негативных последствий для выживания эмбриона.

В целом, меробластический и голобластический типы дробления почти бессистемно «разбросаны» среди разных групп черепных позвоночных. Из-за чего считается, что меробластический тип дробления независимо возникал в разных ветвях черепных не менее пяти раз (Vertebrate Development: Maternal to Zygotic Control. 2017. с. 156).